Современная генетика. Том 1. - Айала Ф.
Скачать (прямая ссылка):
имеет общий участок с ДНК клона XcDm 2151 (рис. 9.16). Распределение
сайтов рестрикции при этом (рис. 9.18, Б) получается совершенно иным.
Фрагменты, образующиеся при рестрикции нормальной ДНК, теперь
отсутствуют, и имеется лишь один фрагмент другого размера в ДНК хромосомы
Df(1 )dm75e19. Внимательное рассмотрение
286
Организация и передача генетического материаш
Hin dill
Hin dill
Sad
ю ОС - ^ ОС -
к ^ ? ? г?
2 0 | 2 0 | К 5 < -TS
kb kb
8.8
T
3.4
"**- 2.9
f
,-9.0
,-5.9
¦ - 3.8 *-2.8
kb
•" -¦ - 15.0 W - 11.0
P*- 1-9
- 2.3
Зонд 2151
1570
1570
Теломера 5'---------> з'
Центромера
XcDm2151
XcDml570
Hin dill
Sad
5.2 , 3.0 1.2 2.9 , 3.4 ,1.9,
9.0
6.2 , 3.8 , 2.8 ,
9.6 | 2.31 2.7 |
15.0
11.0
, 2.3,
Df(l) dm
Рис. 9.18. Локализация концов хромосомных перестроек на карте сайтов
рестрикции ДНК. ДНК мух с генотипом Df(l)dm15°l9/Df(\) JV64J15 сравнивают
с ДНК мух дикого типа линии Oregon-R. Сравнение проводят по методу
Саузерна. Фрагменты рестрикции идентифицируют с помощью
гибридизации радиоактивной ДНК харон-фа-гов XcDm2151 и XcDml570. В
хромосоме Df(\) JV64j15 полностью отсутствует ДНК из участка, содержащего
ген Sgs-4 и, следовательно, все присутствующие в геноме фрагменты ДНК
принадлежат хромосоме Df{l)dm1Se19.
карты рестрикции, изображенной на рис. 9.18, В, показывает, что новый
фрагмент, длиной примерно в 8,8 т. п. и., должен представлять собой левую
часть фрагмента длиной 9,0 т. п.н., идентифицируемого зондом IcDm 1570.
Следовательно, крайняя точка делеции Df(l )dm15ei9 должна располагаться
внутри фрагмента XcDm 1570, причем неподалеку от правого конца участка
длиной 9,0 т. п.н. фрагмента Яш dill. После того как установлено, что Х-
вектор, несущий участок ДНК из хромо-
9. Методы работы с ДНК
287
Дополнение 9.2. Сколь велика библиотека генома?
Число независимо клонируемых случайно выбранных фрагментов ДНК,
необходимое для того, чтобы составить библиотеку генома (иногда говорят
"банк генов"), зависит от размера генома организма и от величины
клонируемых фрагментов ДНК.
Пусть N- число независимых клонов, составляющих библиотеку;
Р - вероятность того, что данная нуклеотидная последовательность
представлена в библиотеке;
L-средняя величина клонируемых фрагментов ДНК;
X- размер данной искомой нуклеотидной последовательности;
М-размер генома.
Тогда N = -
In (1 - Р)
In 1
L- X М
Это выражение1 позволяет определить вероятность того, что в коллекции из
N клонов представлен ген величины X. Обычно в качестве минимально
приемлемого значения вероятности выбирается Р = 0,99 и разрабатывается
состав реакционной смеси, гарантирующей получение числа независимых
рекомбинантных векторов, превышающих данное N.
1 Clarke L" Carbon J. (1976). Cell, 9, 91-99.
сомы дрозофилы, включает конец делеции Df(l)dm75e19, можно начать
"прогулку по хромосоме".
Делая первый шаг по хромосоме, мы используем радиоактивно меченный
рестрикционный фрагмент ДНК дрозофилы в )xDm 1570 в качестве зонда,
позволяющего отобрать в библиотеке генов дрозофилы другие фаги,
гибридизирующие с ним. При этом оказывается, что существует общий участок
у векторов /xDrn 1570 и /xDrn 2001 (рис. 9.16). Следующий шаг состоит в
том, чтобы используя в качестве зонда радиоактивно меченный фрагмент
рестрикции вектора XcDm2001, расположенный правде участка, общего с
вектором /хОш 1570, выбрать из библиотеки новые фаги, гибридизирующие с
XcDm2001. Таким способом из библиотеки последовательностей отбирается
набор фрагментов с общими участками; полученная таким образом коллекция
рекомбинантных фагов дает расшифровку последовательности вправо ог гена
Sgs-4 (рис. 9.16). Из карт сайтов рестрикции отдельно взятых клонируемых
сегментов можно собрать карту участка хромосомы в целом. Для того чтобы в
процессе такой "прогулки по хромосоме" следить, в какой именно точке мы
находимся, следует использовать клонируемые зонды для локализации на
карте рестрикции концевых точек других хромосомных перестроек (рис.
9.18). В результате такой процесс прогулки по хромосоме может быть
спроецирован на цитологическую карту, поскольку известны клоны,
захватывающие концевые точки делеций Df (1 )N6Ajl5, Df(l)N1Sh24 и Df (1
)N6*n6.
Организация и передача генетического материала
Обзор методов работы с ДНК
"Прогулка по хромосоме" - это инструмент, позволяющий систематически
картировать хромосомы эукариотических организмов. Обсуждавшиеся в этой
главе методы работы с ДНК-клонирование рестрикционных фрагментов, анализ
сайтов рестрикции в клонируемой ДНК, метод Саузерна, использование
клонируемой ДНК в качестве радиоактивного зонда при гибридизации с
другими фрагментами ДНК-дают возможность использовать мощные методы
генетического анализа, разработанные на прокариотических организмах, для
исследования генетической организации эукариот на уровне нуклеотидных
последовательностей. Применение этих методов привело к колоссальному
прогрессу в наших знаниях об организации, функционировании и эволюции
