Использование ЭВМ в молекулярной биологии. Введение в теорию генетических текстов - Соловьев В.В.
Скачать (прямая ссылка):
Vol 10, H 1. P. 351 - 363.
157. Comay P., Nussinov R., Gosaay 0. // Nucl. Acids Res.
1986. Vol. 12, N 1. P. 53 - 66.
158. Jacobson A.B.» Good L., Siraonetti J., Zuker M.//Mucl. Acids Ees. 1984. Vol. 12» N 1. P. 45 - 51.
159» Williams A.L., Tinoco I. // Nucl. Acids Res. 1986.
Vol. 14» N 1. P. 299 - 315.
160. Jordan B.B. // J. Theor. Biol. 1971. Vol. 34. P. 363 -378.
161. Бохонов В.Б., Колчанов H.A. // Математические модели молекулярно-генетических систем управления / Под ред. В.А,Ват-нера. Новосибирск: Ин-т щтологш и генетики СО АН СССР, 1979.
С. 124 - 162.
162. Martinez Н.М. // Nucl. Acids Ees. 1984. Vol. 12, N 1.
P. 323 - 334.
163. Day G.E., Blake E.D. // Nucl. Acids Ees. 1982. Vol. 10. P. 8323 - 8339.
164. Yamamoto K., Kitamura Y.» Yoshikura H. // Nucl. Acids Res. 1984. vol. 12з N 1. P. 335 - 346.
165. Соловьев B.B. Структурная организация и эволюция генетических макромолекул: Азтореф. дас... канд. биол. наук. Новосибирск» 1985. 16 с.
166. Hen В., Borrel Е., Sassone-Corsi P., Chambon P.//Nucl. Acids Ees. 1983. Vol. 11. P. 8747 - 8760.
167. Меркулова Т.И.» Соловьев B.B., Колчанов H.A., Плисов сов С.Ю., Баранова Л.В., Меркулов В.М., Салганик Р.И. // Биополимер! и клетка. 1986. Т. 2. С. 93 - 102.
168. Cornish-Bowden А. // Nucl. Acids Res. 1984, Vol. 13.
P. 3021 - 3030.
169. Nussinov R. // Bioehim. Biophys. Acta. 1986. Vol.866»
P. 93 - 108.
170. McGinnis ff., Shermoen A.W., Heemskerk J.f Becken-dorf S.K. // Proc. Natl, Acad. Sci. USA. 1983. Vol. 80.
P. 1063 - 1067.
90
171. Tolsloshev С.М., Blahesley H.ff. // Nucl. Acids Ees.
1982. Vol. 10. P. 1 - 18.
172. Высоцкая Г.С., Гусев В.Д., Куличков В.А. // Теоретические исследования и банки данных по молекулярной биологии и генетике. Новосибирск: Ин-т цитологии и генетики СО АН СССР,
1986. С. 54 - 58.
173. Кендэл М. Ранговые корреляции. М.: Статистика, 1975.
174. Scherer G.F.E., Walkinshaw M.D., Arnott S. // Nucl.
Acids Res. 1978. Vol. 5. P. 3759 - 3773.
175. Sherer G.F.E., Walkinshaw M.D., Arnott S., Morre D.J.
// Nucl. Acids Ees. 1980. Vol. 8. P. 3895 - 3907.
176. Шахмурадов И.А., Колчанов H.A., Соловьев B.B., Рат- Q, нер В.А. // Генетика. 1986. Т. ХХП. С. 357 - 367.
Оглавление
Глава I. ВВЕДЕНИЕ..............................................3
1.1. Понятие о генетических текстах ....................................3
1.2. Функциональные сайты как генетические сообщения...5
1.3. Сложность внутренней структуры реальных генетических текстов ..........................................................................7
1.4. Взаимная совместимость генетических сообщений ... 8
1.5. Упорядоченность структуры генетических текстов .. 8
1.6. Разметка генетических текстов......................................10
Глава 2. СТРУКТУРНО-ФУНКЦИОНАЛЬНАЯ ОРГАНИЗАЦИЯ ГЕНЕТИЧЕСКИХ ТЕКСТОВ........................................................................10
2.1. Сайты, контролирующие репликацию................................10
2.1 Л.ОШ -репликации у бактерий........................................II
2.2. Регуляция транскрипции генов прокариот ....................17
2.2.1. Инициация транскрипции..............................................17
2.2.2. Структура промоторов РНК-полимеразы IL.cok . . . 18
2.2.3. Структурные особенности, влияющие на функцию промотора........................................................................20
2.2.4. Регуляция транскрипции с помощью белков ............23
2.2.5. Промоторы генов различных организмов ..................30
2.2.6. Сайты терминации транскрипции................................32
91
2.2.6.1. Независимые от белковых факторов терминато-
ры ........................................ 32
2.2.6.2. Аттенюаторы ............................... 33
2.2.6.3. Фактор-зависимые терминаторы .............. 33
2.3. Регуляция трансляции............................ 35
Глава 3. ТЕОРЕТИЧЕСКИЙ АНАЛИЗ СТРУКТУРЫ ГЕНЕТИЧЕСКИХ
ТЕКСТОВ...............................................38
3.1. Идеология контекстных методов исследования...... 39
3.2. Анализ информационного содержания ГТ............ 40
3.3. Методы поиска и анализа повторов ................ 53
3.4. Методы поиска вторичной структуры РНК........... 58
Глава 4. ТЕОРЕТИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ ИССЛЕДОВАНИЯ ФУНКЦИОНАЛЬНЫХ
САЙТОВ......................................... 71
4.1. Способы представления функциональных сайтов (ФС)..71
4.2. Теоретические методы анализа функциональных сайтов ............................................. 73
4.2.1. Исследование встречаемости трактов в наборе последовательностей функциональных сайтов ...... 73
4.2.2. Поиск повторов различных типов ............... 73
4.2.3. Анализ весовых матриц........................ 74
4.2.4. Метод выявления информативных зон в наборе выравненных последовательностей.............. 75
4.3. Теоретические метода выявления потенциальных ФС...77
4.3.1. Поиск участков, гомологичных функциональным
сайтам или их консенсусам.................... 77
Библиографический список.............:................... 81
