Химия протеолиза - Антонов В.К.
Скачать (прямая ссылка):
Рис.54. Зависимо--гк константы скорости ферментативной реакции (&' от структурного параметра субстрата (Zg)
1- отсутствие специфичности; 2- абсолютная специфичность; 3- промежуточный случай
4.3.1. Общая характеристика
Число работ по специфичности амидгидролаз огромно и не поддается сколько-нибудь исчерпывающему анализу. Многие ранние данные можно найти в обзорах: [178-180,1746-1748]. Появляются также обзоры, посвященные отдельным ферментам или группам ферментов: [181-183,185-187,1749-1752]. Ниже будут приведены данные, характеризуйте специфичность амидгидролаз на различных уровнях ее проявления.
Таблица 35. Расщепление В-цепи инсулина некоторыми протеазами:
5 10 15
Phe-Val-Asn-Gln-His-Leu-Cys-Gly-Ser-His-Iieu-Val-Glu-Ala-Leu-Tyr-20 25 30
-Leu-Vel-Cys-Gly-Glu-Arg-Gly-Phe-Phe-Tyr-Thr-Pro-Iys-Ala
Фермент Основные разрывы Дополнительное Литера-
между остатками расщепление между турный
остатками источ
ник
Химотрипсин А 16-17; 25-26; 26-27 15-16 [287,
быка а 1753]
Химотрипсин С 4-5; 6-7; 11-12; 16-17; 26-27 [287]
быка 15-16; 17-18; 24-25;
25-26
Трипсин быка 22-23 29-30 [1754]
Эластаза свиньи 2-3; 6-7; 9-ю; [1755]
14-15; 15-16; 18-19;
23-24:26-27
Протеаза I 29-30 [587]
Achromobaoter
Коллагеназа 11-12; 15-16 [474]
Entomophllua
coronata
Папаин 3-4; 13-14; 17-18; 6-7; 7-8; [1756]
19-20; 25-26; 26-27; 8-9; 14-15
Катепсин L 26-27 3-4; 13-14; 17-18 [1757]
Катепсин В 5-6; 8-9; 13-14; 1-2; 3-4; 15-16; [1757]
14-15; 20-21 17-18
Пепсин свиньи 16-17; 24-25 10-11; 12-13; 14-15 [1758]
Катепсин D 1-2; 11-12; 24-25 13-14; 14-15; 23-24; [1759]
селезенки быка 25-26
Катепсин D 15-16; 24-25 - [1760]
эритроцитов
Обычно уже на первых этапах поиска и выделения амидгидролазы, ее удается отнести к груше протеаз или к груше амидаз. С этим связан тип субстрата, используемого для тестирования активности фермента в ходе выделения и очистки. Если речь идет о протеазе, то дальнейшей ее характеристикой является определение позиционной специфичности, т.е. отнесение ее к груше экзо- или эндопептидаз. В большинстве случаев здесь не возникает принципиальных трудностей, поскольку активность экзоферментов обычно на несколько порядков ниже к субстратам эндопептидаз, чем к субстратам, содержащим незащищенные N-или С-концевые аминокислотные остатки. Однако необходимо отметить, что было выделено несколько протеаз, обладающих как экзо-, так и эндопептидазной активностью (см. ниже).
Следующим этапом качественной характеристики специфичности фермента является определение типа аминокислот, образующих расщепляемую связь (первичная специфичность). В случае эндопептидаз в качестве тестобъекта чаще всего используется В-цепь инсулина (табл.35). Такие исследования позволяют отнести фермент к одной из подгрупп, проявляющих специфичность к боковым цепям положитильно заряженных аминокислотных остатков (типа трипсина), нейтральных аминокислот с объемистой гидрофобной боковой цепью (тип химотрипсина)
Таблица 36. Сравнение эстеразной и амидазной активности некоторых амидгидролаз
*cat' К -103 *cat/Xm’ It ./К (эфир) Литера
с"1 Itl M“1 c~1 cat in турный
Фермент Субстрат к ./К (амид)
cat ш
а-Химо- Ў 57,5 1,5 0.38-105 3,6-Ю4 [1761 ]
трипсин AcPheOMe 0,039 37,0 1,05
AcPheNHg
Трипсин Ў 12,9 0,028 4,6.105 0,61 -104 [1762]
BzLysOMe 0,32 4,25 75,3
BzLysNH2
Эластаза Ў 120 0,067 17,9 -105 617 [1763,
AcAla AlaOMe 6,1 2,1 2,9*10 1764]
