Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Антонов В.К. -> "Химия протеолиза " -> 83

Химия протеолиза - Антонов В.К.

Антонов В.К. Химия протеолиза — М.: Наука, 1991. — 504 c.
Скачать (прямая ссылка): himiyaprotezana1991.djvu
Предыдущая << 1 .. 77 78 79 80 81 82 < 83 > 84 85 86 87 88 89 .. 278 >> Следующая

энергии активации кавдой стадии в обратной реакции; lG* - то же для прямой реакции.
Соотношение Холдена показывает, что реакции в прямом и обратном направлении протекают через одни и те же переходные состояния, т.е. что пути прямой и обратной реакции в точности противоположны. Этот принцип называется
принципом детального равновесия, или принщгпом микроскопической обратимости, и имеет важное значение для понимания механизмов реакций.
4.3. Специфичность
Ферментативный катализ характеризуется высокой чувствительностью к структуре субстрата и к условиям, в которых проводится каталитическая реакция. При анализе субстратной специфичности амидгидролаз необходимо различать несколько уровней:
N-
R
4
R2 ft1 ft1 R2' Rd ft4'
I----1 I_____l
первичная специфичность
I--------------------1 l____________________I
вторичная специфичность
I----------------------------------------------------------------1
третичная специфичность
Субстратная специфичность протеаз (как и другю деполимераз) может проявляться на уровне остатка аминокислоты, образующей своей амино- или кар-боксигруппой расщепляемую связь (остатки Р1 и Pj в соответствии с принятой номенклатурой [1745]) - так называемая первичная специфичность. Часто заметное влияние на способность субстратов гидролизоваться в присутствии протеаз оказывают остатки, удаленные от расщепляемой связи, т.е. вторичная специфичность.
В случае белков или больших олигопептидов общая пространственная организация молекулы может быть важным фактором, определяющим положеьие расщепляемой связи. Это так называемая третшшя спе;;уфь.тостъ. Наконец, иногда проявляется зависимость катализа от олигомерной структура гидролизуемого белка - четвертичная специфичность.
Далее в соответствии с классификацией протеаз можно выделить уровни по -зицисгннсй специфичности - способности фермента катализировать гидролиз лишь N- или С-концевых аминокислотных остатков (экзопептидазы) или остатков, расположенных внутри полипептидно] t цепи (эн^опе гтидазы).
Еще один уровень субстратной специфичности - это стереоспецм^ичиостъ, т.е. чувствительность амидгидролаз к конфигурации асимметрических атомов в молекуле субстрата.
При количественном анализе субстра рной специфичности ферментов возникает проблема выбора наилучшего критерия для такого анализа. Поскольку ферментативные реакции многостадийны, необходимо выбирать в качестве меры специфичности параметр, характеризующий определенную стадию или совокупность стадий процесса. Так, для трехстадийной схемы
з1
можно говорить о специфичности на стадии комплексообразования (? =fe /fe ), ацилирования фермента (&2) или его деащглирования №3). Однако при этом возникают определенные трудности, связанные с тем, что экспериментально определяемые константы ‘равновесия или скорости могут быть эффективными величинами, включающими, например, константу диссоциации непродуктивного комг-лекса. Поэтому во многих случаях предпочитают пользоваться для характеристики специфичности константой скорости второго порядка №са1/йт). которая не зависит от степени непродуктивного связывания субстрата. Эта величина также может включать несколько кинетических параметров, если процесс идет через образование нескольких промежуточных комплексов.
Таким образом, анализ специфичности необходимо проводить, используя максимально возможную информацию о скоростях реакции на кавдой стадии процесса.
Еще иильшие трудности возникают при сравнении специфичности разных ферментов. В этом случае относительная скорость гидролиза субстрата, катализируемого двумя ферментами, зависит от выбора субстрата. Для одного субстрата эти скорости могут быть одинаковыми, а для другого, даже сходного по строению, - совершенно разными.
В этой связи мне представляется наилучшим определение специфичности как способности фермента изменять свою каталитическую активность при изменении структуры субстрата. В соответствии с этим определением, если мы располагаем какой-лиоо количественной характеристикой структуры субстрата (Zg), специфичность фермента можно было бы характеризовать графиком типа представленного на рис.54. При этом мерок специфичности является наклон графика, построенного для большого числа субстратов, различающихся структурным параметром Ъд (или суммарным параметром такого типа). Конечно, и в этом случае выЗор субстратов имеет важное значение. Если, например, для анализа специфичности экзопептидазы взять серию защищенных дипептидов, то по отнош !нию к этим субстратам экзопептидаза, по-видимому, не проявляет какой-либо специфичности.
Возможности такого подхода будут продемонстрированы ниже. Рассмотрим экспериментальные резулхтаты анализа специфичности амидп.фолаз.
Предыдущая << 1 .. 77 78 79 80 81 82 < 83 > 84 85 86 87 88 89 .. 278 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed