Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Александров А.А. -> "Компьютерный анализ генетических текстов" -> 7

Компьютерный анализ генетических текстов - Александров А.А.

Александров А.А., Александров Н.Н., Бородовский М.Ю. Компьютерный анализ генетических текстов — М.:Наука , 1990. — 267 c.
ISBN 5-02-004691-4
Скачать (прямая ссылка): komputerniyanalizgeneticheskihtextov1990.djv
Предыдущая << 1 .. 2 3 4 5 6 < 7 > 8 9 10 11 12 13 .. 119 >> Следующая

121 Ч 121“ %
V
201" / / 201" ч
281' \\ 281"
Ч
36 Г1 361"
441" /
/
121 1 ¦¦ 1 • 441" 121 217 313 40?
217 313 4Cw
а б
Рис. .3. Пример точечной матрицы гомологии фрагмента последовательности Deo оперона Е.coli с самим собой при параметрах фильтрации к=12, 1=16 (i) и к=31, 1=63 (б)
венно разными. Исходная точечная матрица гомологии отвечает случаю w=k=l, а при более общих значениях w и к задача построения точечной матрицы сводится к локальной задаче 2 - найти на двух последовательностях фрагменты длиной не менее w и имеющие не более w-k замен и к графическому отображению ее решения. На рис.1.3,а,б приведены примеры точечных матриц гомологии при различных значениях параметров фильтра-
ции к и w. Расчеты проведены с помощью пакета программ DNA-SUN на ЭВМ IBM. PC/XT.
При анализе аминокислотных последовательностей целесообразно использовать несколько иной фильтр, а именно точка ставится, если в окне длиной w суммарный уровень сходства аминокислот не менее заданного. Дайхофф (Dayhoff, 1972) провела детальный анализ частот аминокислотных замен в гомологичных семействах белков. В табл. 1.1 приведены полученные веса аминокислотных замен. При подсчете суммарного уровня сходства в окне суммируют числа, соответствующие аминокислотам в сравниваемых
Таблица 1.1 Относительные частоты аминокислотных замен
G Р D Е А N Q S Т К R HVIM CLF Y W
G 29
Р 12 14
D 1 1 1 0 23
Е 1 1 1 1 1 9 20
А 1 3 14 1 2 12 14
N 1 1 10 14 12 1 2 17
Q 1 0 1 1 14 14 1 1 1 2 2 1
S 12 1 1 12 1 1 1 3 1 3 1 1 1 3
т 10 1 0 1 0 1 0 12 12 1 1 1 3 18
к 7 8 1 0 1 0 9 12 1 1 1 0 9 24
R 4 4 7 7 5 1 0 1 3 7 6 22 75
н 6 6 9 8 8 1 3 12 9 9 1 1 20 59
V 7 8 7 8 ! 0 8 9 9 1 1 8 5 б 22
I 6 6 6 7 8 7 8 8 1 0 7 5 7 2125
м 5 6 6 б 8 7 8 8 9 8 1 0 6 16 16 2 6
с 6 4 5 5 7 6 5 1 1 9 4 2 3 11 9 12 166
L 4 4 5 6 6 5 6 6 7 6 4 6 15 18 21 5 40
F 2 2 2 3 4 - 3 3 4 5 3 4 7 7 1111 2 12 70
Y 1 1 1 1 2 2 2 3 2 3 3 7 3 6 6 1 6 66 137
W 1 1 1 1 1 2 2 2 2 2 3 15 2 4 4 1 341 46 414
Таблица 1.2
Различие физических свойств аминокислотных остатков
G Р D Е А N Q S Т К R н V 1 М С L
G 0
Р 42 0 ч
D 94 1 08 0
Е 98 93 45 0
А 60 27 126 107 0
N 80 9 1 23 42 1 1 1 0
Q 87 76 6 1 29 9 1 46 0
S 56 74 65 80 99 46 68 0
т 59 38 85 65 58 65 42 58 0
к 127 1 03 1 0 1 56 106 94 53 121 78 0
R 125 103 96 54 1 1 2 86 43 1 1 0 7 1 6 0
Н 98 77 8 1 40 86 68 24 89 47 32 29 0
V 109 68 152 121 64 133 96 124 69 97 96 84 0
I 135 95 1 68 1 34 94 149 109 142 89 102 97 94 29 0
м 1 27 87 1 60 126 84 142 1 0 1 135 8 1 95 91 87 2 1 1 0 0
с 159 169 1 54 170 195 139 1 54 1 12 149 202 180 174 192 1 98 196 0
L 1 38 98 172 1 38 96 153 1 1 3 145 92 107 1 02 99 32 5 1 5 198 0
Предыдущая << 1 .. 2 3 4 5 6 < 7 > 8 9 10 11 12 13 .. 119 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed