Научная литература
booksshare.net -> Добавить материал -> Биология -> Александров А.А. -> "Компьютерный анализ генетических текстов" -> 107

Компьютерный анализ генетических текстов - Александров А.А.

Александров А.А., Александров Н.Н., Бородовский М.Ю. Компьютерный анализ генетических текстов — М.:Наука , 1990. — 267 c.
ISBN 5-02-004691-4
Скачать (прямая ссылка): komputerniyanalizgeneticheskihtextov1990.djv
Предыдущая << 1 .. 101 102 103 104 105 106 < 107 > 108 109 110 111 112 113 .. 119 >> Следующая

За рубежом наибольшей популярностью пользуются персональные ЭВМ фирмы IBM и совместимые с ними компьютеры. Для этого типа ЭВМ имеется ряд коммерческих продуктов, в частности ППП IBI - Pustell, MicroGenie, DNASTAR, DNASYS (Cannon,1987; Hoyle,1987), PC/Gene. Эти программные продукты являются показательными для рассматриваемого рынка матобеспечения.
Важное значение имеют выходные формы ППП. Особенно наглядны графические формы вывода информации. На рис.7.3-7.7 представлены некоторые примеры таких форм, полученных на пакете SEQBUS. На рис. 7.3 показан фрагмент рестрикционной карты SV40XX. Слева обозначены имена
¦1 ©© я;
ЛРЛ1 ,4СС1 .4FLII ,45 UI НИ,411 ЛМ111 rll-'RII ¦Will ,4LUX ЕИМН1 БЕИ-SI ВВИ1 BCLI BSTXI EINI CFR-1 ей
I I Hilt "i I imiL
t i -i i i
J______________L_
_L
_______________________11
i I I I N I ............. I____I__LL.
_J____________Ш_____________L
JL
1.. I.i—1_
J___L
*•— С
CTKL4C
CTT.-HG
GGNCC
СйИО--
йтсслт
CCTrlGG
TTTA-M
rIGCT
GG(4T CC
GCHGC
GCHGt-
TG^TCH
GGHHHNMHNT CC
GG<4TC
RCCGGV
Рис. 7.3. Пакет SEQBUS. Программа Q>SIT2. Фрагмент рестрикционной карты SV40XX
сайтов (в данном случае рестриктаз), справа - соответствующие сайты узнавания. Вертикальные черточки обозначают положение сайтов узнавания. Черточки вниз - положение сайтов узнавания по обратной нити. На рис. 7.4 показан фрагмент распечатки той же последовательности с указанием имеющихся на ней сайтов. На рис. 7.5 изображена карта открытых рамок считывания для последовательности TFIIIA. Более информа-
301 AACCAAGTTCCTCTTTCAGAGGTTATTTCAGGCCATGGTGCTGCGCCGGC 350 TTGGTTCAAGGAGAAAGTCTCCAATAAAGTCCGGTACCACGACGCGGCCG "MNLI<D> ~MNL<I> ~HAEI ~BBVSI ~HAEI11 ~BBVI<I>
~NCOI ~CFR101
~FNU4HI
~HPAII
"NAEI
"HHAI
Рис. 7.4. Пакет SEQBUS. Программа Q>SIT2. Фрагмент распечатки последовательности SV40AX
Слева и справа указаны координаты последовательности. Точки над последовательностью отмечают каждый десятый нуклеотид. Стрелка рядом с названием рестриктазы указывает на первый нуклеотид сайта узнавания. В угловых скобках для рестриктаз с непалиндромным сайтом указано направление нити, по которой найден сайт: D - прямая нить, I -инвертированная
тивными являются подобные карты, на которых кроме открытых рамок считывания приводятся графики вероятности кодирования белка (см. гл.
3), местоположение сайтов, напоминающих промоторы и терминаторы (см. гл.4), а также других особенностей анализируемой последовательности. Такие карты весьма полезны при характеризации участков генома (Staden, 1986). Эту карту можно дополнить картой инвертированных повторов (потенциальных шпилек, рис.7.6).
Одной из наиболее часто применяемых функций анализа последовательностей является построение так называемых точечных матриц гомологии (гл. 1). Эти матрицы, особенно при удачном подборе параметров фильтрации, дают ценную информацию о гомологичных областях последовательностей (рис. 7.7).
7.9. ПЕРСПЕКТИВЫ
Первое направление - развитие программно-аппаратных средств. Ближайшие перспективы в этой области связаны с быстрым развитием традиционной вычислительной техники, увеличением быстродействия ЭВМ, увеличением объема памяти, усовершенствованием внешних запоминающих устройств. В настоящее время становятся доступными БД и соответствующее программное обеспечение на. оптических дисках, емкость которых значительно перекрывает объем современных БД и накопленного математического обеспечения. Второе - создание автоматизированных рабочих мест (АРМов) генного инженера и других подобных АРМов на основе мош-
S ^, Ц М-Ц ,Ц Ц —| ,1—i1-—],
¦' ¦ fl " 'i 1.. ¦ 4 .,,, Ц'—1.lj—Ц , , ЦЦ
ij--------1—1------L-U---I____|______I И || |
^ .....J,"' , и f
-1 г1 гНЧ ,, , / I-J—1 , ,1—^1 г*
-——и ^ pj,!^
¦' 20 60 8© 10© x
ST FI 11.4 < 1 - 15"1 У >
Рис. 7.5. Пакет SEQBUS. Программа у>РЕРТ. Карта потенциальных пептидов для последовательности TFIIIA
Слева указаны номера фаз трансляции. Внизу и вверху - масштабная линейка. Горизонтальная линия на карте обозначает открытую рамку считывания. Высокая черта выше этой линии обозначает инициирующий кодон AUG, низкая - GUG. Открытая рамка заканчивается терминирующим кодоном (длинная черта). Отдельные терминирующие кодоны указаны короткими штрихами. Пользователь может задать минимальный размер открытой рамки считывания
Предыдущая << 1 .. 101 102 103 104 105 106 < 107 > 108 109 110 111 112 113 .. 119 >> Следующая

Реклама

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed

Есть, чем поделиться? Отправьте
материал
нам
Авторские права © 2009 BooksShare.
Все права защищены.
Rambler's Top100

c1c0fc952cf0704ad12d6af2ad3bf47e03017fed