Компьютерный анализ генетических текстов - Александров А.А.
ISBN 5-02-004691-4
Скачать (прямая ссылка):
сокращенных описаний последовательностей (БД с полным описанием последовательностей требует слишком большого числа дискет), 3) индексные файлы, используемые СУБД. Все последовательности содержатся в 54 файлах, в каждом из которых они сгруппированы по таксономическому признаку. Таким образом, каждая дискета содержит от одного до четырех файлов последовательностей и соответственно описаний. 24-я дискета содержит файлы указателей БД, 25-я - файлы СУБД, 26-я - файлы с программами, выполняющими различные функции с нуклеотидными последовательностями.
7.6. ИНТЕРФЕЙС ПОЛЬЗОВАТЕЛЯ (ЯЗЫКИ ВЗАИМОДЕЙСТВИЯ)
Работа с удаленными и распределенными БД по линиям связи.
В настоящее время в мире нашли широкое применение сети ЭВМ, охватывающие целые страны и континенты. Локальные вычислительные сети объединяют информационно-вычислительные ресурсы в пределах небольшой территории, на расстоянии нескольких километров. Скорость передачи данных может достигать десятков миллионов бит в 1 с. Станциями здесь называются единицы оборудования, будь то отдельная ЭВМ, терминал, печатающее устройство, коммутационное устройство или другая локальная сеть. Станции сообщаются между собой на основе определенных правил, называемых протоколом. За рубежом наибольшую популярность получила локальная сеть, называемая ETHERNET (Мартин, 1985; Громов, 1984'.
Для сообщения на больших расстояниях используются линии связи общего назначения, в частности телефонные линии связи. Для передачи дискретных (цифровых) сигналов по таким линиям сеязи необходимо специальное устройство - модем, которое преобразует дискретный сигнал б аналоговый, соответствующий пропускной способности линии, и обратно. В настоящее время имеются модемы, обеспечивающие передачу со скоростью до 240G бит в 1 с (обычно 300 бит в 1 с). Для специальных целей могут использоваться высокоскоростные линии связи, техническая скорость передачи данных может достигать 1 гигабит в 1 с.
В Северной Америке, Европе, Японии существует целый ряд сетей, таких, как BITNET, EARN, TRANSPAC. DATAPAC, TELENET, IPSS, ARPANET, TYMNET, AGRENET, JANET и др. В СССР работает Государственная автоматизированная система научно-технической информации (ГАСНТИ) (Малинин, 1987).
После подключения к системе пользователь со своей удаленной станции получает доступ к информационно-вычислительным ресурсам сети. Объем этих ресурсов определяется помимо наличных ресурсов протоколом высокого уровня, обеспечивающего пользователя известным уровнем доступа к прикладным системам, реализованным в сети. По отклику системы пользователь, вообще говоря, не может установить, с каким именно оборудованием он работает. Чаще всего люди используют сети для получения информации. Нашли распространение такие прикладные системы, как электронная почта, электронные конференции и, что больше всего нас интересует, работа с базами данных. К настоящему времени известно порядка 3 тыс. различных БД. В некоторых из них накоплены сстни тысяч вторичных документов. В виду этого прикладные системы могут размещать отдельные файлы БД на разных физических устройствах, находящихся в любом месте сети, тем самым БД превращаются в распределенные. Систему, включающую в себя прикладные программы и БД, можно назвать банком данных. Так, в режиме теледоступа работают GenBank,
EMBL, PIR-NBRF. В СССР в системе ПОИСК в ВИНИТИ возможен доступ к БД EMBL (Анев и др., 1982). ПОИСК обеспечивает различные виды информационного поиска: библиографический, по ключевым словам и другим дескрипторам (описательным признакам) последовательности.
Прикладные системы (Kuhara et al.,1982; Kanehisa et al., 1982; Devereux, 1982; Pustell, Kafatos, 1986; Harr et al., 1986; и др.) обеспечивают специфическую работу с молекулярно-генетическими БД: поиск по банку, вызов различных программ анализа, статистики и т.д. Для этой цели создаются также национальные службы (Smith D.H. et al.,1986; PROPHET,...,1986; Smith T.F. et al., 1986; и др.)
Работа на персональном компьютере. Большую популярность завоевали прикладные системы, реализованные на персональных компьютерах (ПК).
С точки зрения пользователя работа на ПК имеет ряд ощутимых преимуществ.
1. Независимость от большой машины. Персональный компьютер внешне похож на терминальное устройство. Поскольку в отличие от терминала ПК для своей работы необязательно должен быть связан с большой ЭВМ, на нем можно работать в удобное время, в удобном месте и в удобном темпе.
2. Удобство (комфорт). ПК характеризуется высокими эргонономичес-кими качествами, надежен, практически не требует квалифицированного обслуживания.
3. Сравнительно мощные ресурсы.
4. Развитое математическое обеспечение (МО). Поскольку тираж ПК очень большой (сейчас эксплуатируется порядка 100 млн ПК), для них разработано большое количество разнообразного МО высокого качества
и, что самое ценное, ориентированного на работу неподготовленного пользователя. Эта ориентированность на пользователя, пожалуй, самое важное свойство ПК. Для массы самых разнообразных применений ПК придумано огромное число способов, приемов, методов общения пользователей с ПК (иначе это называется интерфейсом пользователя). Остановимся только на некоторых моментах.
